Fondé en 1928 en tant que société commerciale, l'entreprise s'est rapidement transformée en un groupe maritime. L'idée de son fondateur était de relier la Belgique, son pays natal, au reste de l'Europe du Nord particulièrement l'Angleterre par voie maritime à l'aide de caboteurs. C'est dans les années 1980 que la compagnie se lance dans le transport par navires rouliers, elle développera aussi un réseau logistique conséquent. Elle se diversifie aussi dans le transport de vrac, à ce moment-là.
A la fin des années 1990, Cobelfret créé la holding CLdN (Compagnie Luxembourgeoise de Navigation) avec des capitaux luxembourgeois. Sa filiale CLdN Port regroupe son réseau logistique.
En 2015, Cobelfret commandait deux navires rouliers. Le "Céline", livré en 2017, sera le plus gros le plus gros roulier au monde avec ses 8000 mètres de linéaires et une largeur inégalée à ce moment-là de 35 mètres. Il sera suivi du "Delphine" livré en 2018. En 2017, Cobelfret poursuivait ses commandes de rouliers de très grandes tailles. Il était à mi-chemin de son programme d'investissement annoncé en 2015 avec douze nouveaux navires.
En mars 2019, CLdN (Cobelfret) augmentait sa fréquence de rotations et mettait en ligne ses très gros rouliers, un mois avant le Brexit et la sortie du Royaume-Uni de l'Union Européenne, renforçant son service Dublin-Rotterdam. La compagnie mettra un quatrième navire sur cette ligne en 2021. En avril 2020, Cobelfret lançait un nouveau service régulier hebdomadaire entre Zeebrugge et le port de Cork.
En octobre 2021, Cobelfret réceptionnait son premier roulier propulsé au GNL, le "Faustine". Ses plus récents navires étant pré-équipés pour utiliser le GNL, Cobelfret avait la possibilité de basculer entièrement au GNL la presque totalité de sa flotte, les plus récents mais aussi ceux qui affichaient les plus fortes capacités de fret. En février 2022, Cobelfret repassait commande en Corée de deux nouveaux rouliers géants. Ces deux navires attendus pour 2025 auront les mêmes dimensions que les "Céline" et "Delphine".
En mars 2022, CLdN achetait Seatruck Ferries, premier opérateur Ro-ro avec ses huit navires sur la mer d'Irlande, au groupe danois Clipper. En décembre 2022, Cobelfret étendait ses services entre Santander, Liverpool et Dublin.
En février 2023, le "Delphine" reprenait son service après s'être fait équipé d'un système de propulsion éolienne de deux voiles de rotor de 35 x 5 mètres déployées. Le navire devait émettre encore moins de gaz à effet de serre grâce à une réduction des émissions pouvant atteindre 10% . En mars 2023, CLdN annonçait un nouveau service depuis Zeebrugge et Rotterdam vers le port anglais de Teesport et il étendait considérablement ses traversées vers Purfleet (Londres). Cobelfret possède un autre terminal en Angleterre, à Killingholme (Humberside).
En mars 2023, Cobelfret était le quatrième armateur roulier en Europe avec dix navires de plus de 200 mètres de long. L'armateur de Zeebrugge, domicilié au Luxembourg, figure parmi les plus importants acteurs du transport maritime-roulier européen au même titre que DFDS, P&O Ferries ou Stena Line.
Le "Mazarine" de Cobelfret construit en 2009 s'échouait le 10 juillet 2023 sur le plateau rocheux du phare de Wolf Rock au large du Royaume-Uni, à 9 miles de la côte des Cornouailles, après une avarie de propulsion. Les 22 membres d'équipage et les 3 passagers présents à bord étaient sains et saufs. Le remorqueur britannique "Mercia", des hélicoptères et des canots de sauvetage étaient déplacés sur place. Le "Mazarine", affecté à la ligne Zeebrugge-Cork sous pavillon maltais, était dégagé du plateau rocheux et faisait route sous remorque vers Falmouth en Angleterre le 11 juillet 2023 afin de procéder à l'évaluation des dégâts.