Le fondateur de la compagnie Ernst Jacob était impliqué dans le monde des affaires maritimes depuis 1928. Après 1945, il prit la direction de la remise en forme des compagnies maritimes du port de Flensburg en créant le "Flensburger Trampreeder Gesellschaft". La compagnie Ernst Jacob vit le jour en 1955 avec son premier navire, un cargo portant le nom de "Schwennau". En 1966, le fils d'Ernst Jacob, Werner, rejoignit la compagnie et modernisa la flotte. Il prit la direction de l'armement en 1980 avant que ses propres fils, Rolf et Tom, ne prennent à leur tour le management de Ernst Jacob. En 1976, E.Jacob entrait dans le transport pétrolier avec trois navires. L'année 2000 vit la fondation de Jacob Tankschiffahrts et 2007 la création de sa filiale Jacob Panamax Tanker Pool GmbH & Co. 
En 2019, les bureaux de Flensburg et de Hambourg étaient regroupés en un nouveau siège social, situé à Hambourg. Un chimiquier et onze transports de produits composent la flotte Ernst Jacob en 2021.