- La compagnie Minoan Lines a été créée en 1972 pour assurer les liaisons entre la Crète et le continent grec, sur la mer Egée. La société n'a cessé de se développer en achetant des ferrys à différentes compagnies européennes. Le premier navire neuf sera livré en 1995. En 2008, le groupe italien Grimaldi faisait l'acquisition de 47,9 % de parts supplémentaires dans le capital de Minoan Lines devenant ainsi l'actionnaire principal de la compagnie avec 85% des parts. Minoan Lines devenait ainsi une filiale de Grimaldi. Le 24 mars 2022, Minoan Lines annonçait un changement de directeur général, Mr Antonis Maniadakis prenait la tête de l'entreprise. En 2020, Minoan Lines fut la première compagnie en Grèce à installer des scrubers sur ses navires, au nombre de quatre en 2022, les "Festos Palace", "Santorini Palace", "Knossos Palace" et "Kydon Palace".
 En avril 2025, dans le cadre de son programme d'expansion et de modernisation de sa flotte, le groupe Grimaldi commandait la construction de neuf Ropax ultramodernes, en Chine. Deux de ces navires étaient destinés à Minoan Lines et devaient être livrés entre 2028 et 2030. Le 5 décembre 2025, le Lloyd's List décernait à Minoan Lines dans le cadre des Greek Shipping Awards 2025, le prix de la compagnie de transport de passagers de l'année.