L'histoire de la compagnie Stena a commencé à Göteborg, en Suède, en 1962. Sten Allan Olsson, fils d'un capitaine et armateur a fondé Stena Line. Toutefois, c'est dans la récupération de métaux qu'il fit ses débuts avec une entreprise créée en 1939. C'est en 1946 qu'il acquiert son premier navire, un ancien chasseur de baleines qu'il transforme en un caboteur rebaptisé "Dan", prénom de son premier fils. En 1962, il inaugure le créneau qui va le faire connaître en se lançant dans le transport de passagers. Il débute avec les petits paquebots "Skagen 1" et "Skagen 2" sur une liaison entre Göteborg et Skagen, au Danemark. Il commandera en France ses deux premiers vrais ferries, les "Stena Danica" et "Stena Jutlandica", qui sortent du chantier du Trait, près de Rouen, en 1965.
En 1967, s'ouvrira la première route vers l'Allemagne, Göteborg-Kiel. En 1990, Stena achète la compagnie Sealink British Ferries et son réseau transmanche et mer d'Irlande. En 1996, Stena recevait le premier ferry à grande vitesse au monde construit en aluminium, le "Stena Explorer". Quatre autres navires du même type suivront, Stena se séparera de ses NGV en 2009. En 2010, la compagnie ouvre un nouveau terminal en Ecosse près de la ville de Cairnryan. En 2012, Stena rachète cinq lignes à la compagnie germano-danoise Scandlines sur la Baltique, confirmant sa place de premier opérateur de ferries en Europe. En 2013, Stena lançait son premier service de ferry en Asie, en créant la Stena Daea Line (90% Stena, les 10% restants au groupe coréen Daea).
En 2013, le 12 juillet, le fondateur de la compagnie, Sten A. Olsson décédait à l'âge de 96 ans. Son fils aîné Dan était à la barre du groupe depuis 1982.
Stena Line ne représente qu'une partie du groupe Stena également actif dans le transport de pétrole brut et de produits raffinés, l'affrètement de rouliers à d'autres armateurs et l'offshore. Le groupe investit aussi dans l'immobilier et dans son activité originelle de recyclage (métaux, papier, électronique...).
La flotte Stena Line compte 37 navires en 2021.
Stena Line, la municipalité et le port danois de Frederikshavn ont annoncé le 20 septembre 2021, la signature d'un accord pour préparer d'ici 2030, l'arrivée de deux ferries qui seront les navires 100 % électriques les plus puissants au monde. Ce projet baptisé Elektra est la pierre angulaire de Stena pour réduire de 30 % ses émissions de CO2, alors que la liaison courte Elseneur-Helsingborg entre la Suède et le Danemark est déjà partiellement électrifiée depuis 2017. Les deux navires de 200 mètres de long pourront embarquer 1 000 à 1 500 passagers avec 3 000 mètres de linéaires de pont-garage. Ils seront dotés de batteries d'une capacité de 60 à 70 MWh pour tenir la vitesse de vingt nœuds.
Le 22 février 2022, Stena déclarait avoir modernisé ses deux plus grands ferries, les "Stena Hollandica" et "Stena Brittanica", avec un réaménagement des installations à bord pour plus d'un million d'euros. Ces deux navires assurent une ligne entre Harwich, en Angleterre et le port hollandais de Hoek van Holland. Ils peuvent embarquer 300 camions, 230 voitures et 1200 passagers. Quinze des 500 cabines de chaque navire ont été aménagées pour permettre aux passagers de voyager avec leurs chiens.
Stena devait mettre en ligne en septembre 2022 son plus grand ferry, le "Stena Estelle" construit en Chine par CMI Jinling. Il assurera avec son sister-ship, le "Stena Ebba", la liaison entre Gdynia en Pologne et Karlskrona en Suède. Ces deux E-Flexer sont les plus grands jamais construits. Longs de 240 mètres et larges de 28 mètres, ils ont une capacité de 1200 passagers et 3600 mètres linéaires pour les véhicules. Soit 15% de plus que les autres E-Flexer.
Fin janvier 2023, une étape importante dans l'utilisation du méthanol comme carburant marin était franchie dans le port de Göteborg. Le "Stena Germanica", propulsé au méthanol, était le premier navire non pétrolier au monde à être approvisionné en méthanol à partir d'un autre navire. Auparavant le navire n'était avitaillé avec ce produit qu'à partir de camions.
En avril 2024, Stena arrivait sur le marché des ferries méditerranéens en faisant l'acquisition de 49% de l'armement marocain Africa Morocco Link pour étendre son réseau en Europe du sud. Africa Morocco Link, créé en 2016, opérait sur la route qui relie les ports d'Algésiras à celui de Tanger