En 1903, le premier ferry ferroviaire traversa la mer Baltique entre Gedser au Danemark et Warnemünde en Allemagne. Malgré deux guerres mondiales et une Allemagne divisée, ces liaisons survivront.
En 1989, le mur de Berlin s'effondre entre les deux Allemagnes. Les deux compagnies maritimes de ferries qui avaient opéré à l'est et à l'ouest sur les lignes vers le Danemark ont fusionnées en une seule sous le nom de DFO. Au Danemark, la compagnie maritime qui assure les liaisons entre le Danemark et l'Allemagne appartient à DSB (Danske StatBaner), les chemins de fer danois. DSB deviendra une société anonyme indépendante en 1995 et changera de nom en 1997, passant de DSB Rederi à celui de Scandlines.
En 1998, les deux compagnies, la danoise Scandlines AS et l'allemande DFO se regrouperont pour devenir Scandlines AG. Les propriétaires étaient le ministère danois des Transports et de l'Energie et l'entreprise ferroviaire publique allemande Deutsche Bahn.
En 2007, Scandlines sera privatisée. Elle sera achetée pour 1,56 milliard d'euros par un groupe d'investisseurs, le britannique 3i et l'assureur allemand Allianz en détiendront chacun 40% tandis que le conglomérat Deutsche Seerederei, héritier de l'armement DSR de Rostock en aura 20%. En 2009, Scandlines absorbait son seul concurrent HH Ferries sur l'unique liaison maritime courte entre le Danemark et la Suède.
En 2013, le fonds d'investissement 3i devenait le propriétaire exclusif de Scandlines après avoir racheté la part de son associé Allianz Capital Partners.
En 2013, Scandlines était la première compagnie de ferries à expérimenter la propulsion hybride sur le navire amphidrome "Prinsesse Benedikte" exploité sur la ligne courte Rödby-Puttgarden reliant le Danemark à l'Allemagne. En 2020, le "Copenhagen" était équipé d'une voile de rotor. Fin 2020, Scandlines était concurrencé sérieusement par un nouveau tunnel immergé entre le Danemark et l'Allemagne, tunnel qui serait mis en service entre 2025 et 2029. Scandlines exploite le même trajet que ce tunnel intégrant deux voies ferroviaires, deux voies autoroutières et deux couloirs de secours.
Scandlines possède la plus grande flotte de ferries hybrides au monde en 2021.
Les trois couleurs du logo de Scandlines en forme de triangle inversé représente chacune un pays: le jaune pour l'Allemagne, le rouge pour le Danemark et le bleu pour la Suède.
En octobre 2021, Scandlines choisissait d'installer une voile de rotor à bord d'un deuxième navire de sa flotte, après avoir équipé le "Copenhagen" de cette unité de propulsion auxiliaire éolienne, en 2020. C'est le navire jumeau du "Copenhagen", le "Berlin", qui bénéficiera de cette installation qui sera opérationnelle en 2022.
Fin novembre 2023, le nouveau ferry de fret sans émissions directes de Scandlines était lancé au chantier naval de Cemre, en Turquie. Nommé "Futura", il devait être déployé entre l'Allemagne et le Danemark. Long de 147,4 mètres, fonctionnant entièrement à l'électricité, le ferry a une capacité de 66 unités de fret routier soit environ 1200 mètres de linéaire et 140 passagers. Livrable en 2024, le navire dispose d'un système de stockage d'énergie de 10 MWh, le plus grand parc de batteries lithium-ion au monde à ce jour, fourni par le fabricant suisse Leclanché.