La compagnie a été fondée en 1898 par Egbert Wagenborg (1866-1943) en tant que compagnie maritime pour le transport de passagers et de charges, avec son premier navire, le "Ameland I". Depuis 1999, Wagenborg peut porter la dénomination honorifique de "Koninklijk" (Royal) accordée par le roi des Pays-Bas, Willem-Alexander.
En 2001, Wagenborg se classait au premier rang des armements hollandais avec 120 navires et une forte proportion d'unités de petit tonnage, dont une trentaine de fluvio-maritime. En 2009, le niveau de commandes de navires participant au cabotage sec se répartissait pour moitié entre l'Allemagne et les Pays-Bas. Wagenborg avait 24 commandes, la majorité passée aux Pays-Bas: une douzaine de 3 200 tpl au chantier Bijumeau et quatre de 8 200 tpl chez Barkmeijer. En 2011, Wagenborg continuait son investissement massif. Il devait recevoir jusqu'en 2013 du chantier chinois Hudong Zhonghua, une série de 25 navires de 17 500 tpl commencée en 2006 avec l' "Amstelborg". La compagnie se partageait désormais entre le cabotage et le long cours.
En 2014, le cargo "Victoriaborg", chargé d'acier, signalait la perte d'un de ses marins en pleine tempête Dirk. Quelques heures plus tard, il déclarait une avarie de barre, il était alors à 120 milles de la pointe bretonne de Corsen. Il sera pris en remorque par le "Multratug 20" qui cassera cette remorque dans des conditions de mer très difficiles. Le remorqueur "Christos XXII" prendra sa relève. Ne pouvant rallier Brest, le convoi mettra le cap sur Saint-Malo où la cargaison du "Victoriaborg" sera transbordée sur le "Azoresborg" de la même compagnie.
Wagenborg gère une flotte polyvalente de plus de 170 navires à marchandises sèches en 2021. Wagenborg est également présent dans l'offshore et l'éolien en mer avec neuf navires et dans le remorquage. En mars 2021, Wagenborg mettait en service son troisième navire de secours et de soutien pour l'inspection et la maintenance de plates-formes dans les eaux néerlandaise et britanniques, le "Keizersborg".


DIEZEBORG.Long: 133,38m. 15,85m de large.
 
 
GEULBORG Long: 90,30m Larg: 13,60m.
 
KROONBORG Long: 130,0m. Larg: 15,87m
 
MARKBORG Long: 134,50m. Larg: 16,50m
 
REESTBORG Long: 139,95m. Larg: 20,00m.
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