Le fondateur de la compagnie, Olof Wallenius né en 1902, créait sa première entreprise en 1922. Celle-ci commercialisait des fûts vides. Il élargira son entreprise en incluant le transport d'huile de soja en barils par camion. Il se rendra compte que le moyen le plus efficace de gérer le transport depuis sa ville suédoise de Karlsham, était la voie maritime. En 1934, il recevra son premier navire, le "Soya", et créera sa compagnie maritime, Rederi AB Soya, du nom de la cargaison. Malgré la seconde guerre mondiale, la société se développera. En raison de la passion d'Olof Wallenius pour l'opéra, la compagnie nommera toujours toute sa flotte d'après les opéras, ce qui lui donnera le nom de "The Opera Line".
En 1991, Wallenius Line (WL) prenait une participation de 50% dans United European Car Carriers. Le 1er juillet 1999, WL et la compagnie norvégienne Wilhelmsen Lines formaient une société commune nommée Wallenius Wilhelmsen Lines (WW), détenue à 50% par chaque partenaire. WW exploitera soixante navires RoRo. Le 10 août 2002, le contrat officiel de vente de la division transport maritime de voitures de la firme coréenne Hyundai Merchant Marine (HMM) à WW était signé à Séoul. La nouvelle société qui s'appellera Eukor Car Carriers est créée, elle est basée à Séoul. Le groupe suédo-norvégien se hissait à la première place du transport maritime de voitures avec une flotte qui avoisinait les 140 unités.
En 2003, les départements techniques et de gestion des navires de Wallenius Lines vont former une nouvelle société, Wallenius Marine. En 2016, Wallenius et Wilhelmsen décidaient d'intégrer dans leur coentreprise Wallenius Wilhelmsen Logistics. Le nouveau WWL intégrera aussi deux autre armateurs, le coréen Eukor Car Carriers dont ils détiennent chacun 40% et American Roll-on Roll-off Carrier. La nouvelle entité pèse 4 milliards de dollars de chiffre d'affaires, avec 6 000 salariés dans 50 pays. Elle exploitera 134 navires rouliers.
En mars 2020, Wallenius et Swedish Orient Line, deux des plus anciens armateurs suédois fusionnaient leurs activités dans le transport de produits forestiers en Baltique et en mer du Nord et commandaient au chantier chinois CIMO Raffles, quatre rouliers de 240 mètres, 30 000 tpl, propulsés au GNL. Livrés en 2021, il s'agira probablement des navires rouliers classés glace, les plus importants jamais construits. Cette nouvelle société porte le nom de Wallenius SOL.
En janvier 2023, l'Europe soutenait le projet de car-carrier à voiles de la compagnie qui bénéficiera de neuf millions d'euros de subvention européenne, ce qui permettra d'accélérer les travaux de recherche pour le futur "Orcelle Wind", qui verra sa réalisation se concrétiser en 2027. Les voiles du navire seront testées à bord d'un des car-carriers de Wallenius Wilhelmsen  courant l'année 2024.

ISOLDE, 1985, 5 450 véhicules.  
 
BOHEME . 1999. 5 850 voitures.
 
Le Bohème, à Nouméa en aout 2005.
 
   
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