Vertom a été fondé en 1974 par Ton Pols. A l'époque, l'entreprise était située dans le quartier portuaire de Rotterdam et comptait vingt employés et trois navires. Après 1981, avec l'envie de se lancer dans l'international, Vertom a ouvert plusieurs bureaux en Belgique pour mettre en place quelques années plus tard, un service régulier vers les Caraïbes. Cette croissance s'est poursuivie au fil des années.
En 1999, Vertom Shipping UK Ltd a été mis en place. En 2010, Vertom créait une coentreprise avec le groupe de transport Unity Beheer BV, ce qui entraînait une expansion significative. Le 14 février 2007, le remorqueur "Abeille Bourbon" portait assistance au cargo "Saline" de Vertom, en avarie de moteur à 120 km dans le nord-ouest d'Ouessant. Les conditions météorologiques étaient particulièrement mauvaises, l' "Abeille Bourbon" passait une remorque au cargo pour le ramener à Brest.
Le 11 novembre 2019, le cargo "Rocamar" de Vertom parti de Bilbao a connu des problèmes de propulsion alors qu'il naviguait au large du Finistère vers la Suède, avec un chargement de 4829 tonnes de calcaire. Un problème de turbo le contraignait de se dérouter sur Brest pour réparations.
En 2021, Vertom et le groupe leader international des services maritimes Cory Brothers Shipping créaient une coentreprise nommée VertomCory, développant ainsi leurs activités vers les Etats-Unis, à Singapour et à l'échelle européenne. La flotte Vertom comprend plus de 80 navires en 2021. Malgré son développement qui en a fait un acteur important du transport maritime international, Vertom reste un armement issu d'une entreprise familiale.
Le nom Vertom fait référence au tout premier navire de la compagnie, le "Vera Tomson".
En mai 2022, le groupe Econowind et Vertom annonçaient leur collaboration pour installer des unités VentoFoil assistées par le vent, sur plusieurs navires d'ici la fin de l'année 2022. Celles-ci seront modernisées sur les "Progress" et "Perfect" de Vertom. En septembre 2022, avait lieu le lancement aux chantiers navals néerlandais Thecla Bodewes du "Vertom Patty", premier d'une série de six de la conception LABRAX. Le navire porte le nom de l'épouse de feu Mr Pols, fondateur de Vertom. Ce 23 septembre avait lieu également la cérémonie officielle de la pose de la quille des deuxième et troisième navires de la série, les futurs "Vertom Cyta" et "Vertom Tomma". Les livraisons des autres cargos de 118,6 mètres de long pour 14,30 mètres de large sont prévues de 2022 à mi-2025.
Le 2 décembre 2022, le cargo fluvio-maritime "Ayr" de Vertom, victime d'une avarie alors qu'il descendait la Manche, était pris en charge par le remorqueur d'intervention, d'assistance et de sauvetage (RIAS) "Abeille Liberté". Ce dernier le menait jusqu'au Havre, où le convoi arrivait le 3 décembre dans la matinée. Le cargo était ensuite pris en charge dans le chenal du port normand par les remorqueurs portuaires de Boluda, qui mettaient le navire à quai pour lui permettre de réparer.
Le 2 juillet 2023, le port de commerce normand du Tréport accueillait le "Vertom Cyta", l'un des tout premiers vraquiers au monde à être équipé d'une motorisation diesel-électrique. Le navire de 118,60 mètres de long pour 14,30 mètres de large et une capacité de 7000 tpl pour 6,20 mètres de tirant d'eau faisait partie des plus gros navires admissibles au Tréport. Livré en 2023 par le chantier néerlandais Peters Scheepowerft à Kampen, c'est le second navire d'une série de six unités identiques commandé par Vertom à entrer en service au sein de sa flotte.
Le 6 juillet 2023, Vertom lançait et baptisait le "Vertom Tomma" de la série Labrax-7000. Le navire, construit par Thecla Bodewes Shipyards en Hollande, est le troisième navire à cargaison sèche d'une série de dix. Il devait entrer en opérations commerciales en septembre 2023.