Peter Madsen, le fondateur de la compagnie, a acheté son premier navire, le "Zephyr" en 1949. A cette époque, il avait travaillé comme docker, commerçant, second puis skipper pendant quelques années. Dans les années qui ont suivi la seconde guerre mondiale, un deuxième navire, l' "Avance" va rejoindre le "Zephyr". Ils travailleront principalement à l'enlèvement et le sauvetage d'épaves, le déminage et la plongée. En 1954 sera créée la Société de Sauvetage Zephyr. De nouveaux navires viendront agrandir la flotte P.M.
Peter Madsen est décédé en 1964 à l'âge de 50 ans des suites de maladie. Sa famille poursuivra les activités de la compagnie et une nouvelle société sera créée, Peter Madsen Rederi A/S. Dans les années 2000, P.M. se lancera dans l'éolien offshore, ce qui est devenu un marché important pour l'entreprise.
Peter Madsen Rederi  A/S est devenu Peter Madsen Marine Contractors.