L'origine de Vega Reederei remonte à 1919, quand des officiers de la marine impériale austro-hongroise créèrent la compagnie à Vienne, et ouvrirent une branche à Hambourg sous l'autorité de Friedrich Dauber. En 1961, Vega Reederei disposait de 3 navires. A la mort de Friedrich Dauber en 1966, Uwe Brügge reprendra l'armement. Les deux fils de ce dernier reprendront à leur tour Vega Reederei en 1995. L'année 2002 verra Vega entrer dans le monde du transport maritime par containers. En 2008, la flotte comprend 22 navires et doit atteindre 25 navires dans un avenir proche.
En 2008, le ralentissement général du marché lié à l'affaire Lehman Brothers et à la dépression financière qui s'en suivra n'empêchera pas la livraison de nouveaux bâtiments pour Vega. En 2010, une première série de vraquiers est livrée en affrètement à long terme avec le groupe danois DS Norden. Des achats de navires d'occasion porteront la flotte Vega à 46 navires en 2015. En 2016, la compagnie fêtait le dixième anniversaire de sa filiale de gestion d'équipage Vega Manila Crew Management. En 2021, Vega déménageait vers de nouveaux bureaux à Hambourg. Cette même année, Vega commandait quatre nouveaux porte-conteneurs de type Sealion de 1868 EVP de capacité, au chantier chinois Yangfan Group Co.
Vega Reederei prenait officiellement livraison le 21 mai 2025 du premier navire de sa nouvelle série de neuf caboteurs de nouvelle génération, le "Vega Petra". Avec ce navire construit par le chantier naval chinois de Yahua, Vega Reederei faisait une réentrée ciblée sur le marché européen du transport maritime à courte distance. Le "Vega Petra" et les trois premiers navires jumeaux devaient être affrétés à temps par l'opérateur danois Ecoship et rebaptisés sous sa marque.