En 1962, à l'âge de 23 ans, Siegfried Bojen devenait capitaine. Quatre ans après, il sillonnait les eaux européennes à bord de son premier navire, le "Johann". L'armement de 2010 comprend 26 navires employés dans les eaux internationales et le fondateur est toujours à la barre de la compagnie qui emploie 22 personnes environ et 230 marins embarqués.
Fin 2011, Siegfried Bojen Schiffahrtsbetrieb a été transféré à Bojen Holding et supprimé en 2018. De nombreux navires ont dû être vendus jusqu'en 2015. En 2015, l'armement néerlandais Vertom et Bojen Holding ont créé une coentreprise. En mars 2016, une procédure d'insolvabilité a été ouverte pour Bojen Holding GmbH et Vertom restait le seul membre de la précédente coentreprise en 2019.