La société a été créée en 1959, elle est le fruit d'une association de deux compagnies maritimes finlandaises et une suédoise. Ces trois compagnies commercialiseront leurs services sous une même et seule marque: Viking Line, en 1966. Les navires du consortium adopteront une livrée rouge, portée à l'origine par la compagnie suédoise (Slite), couleur qui aurait été inspirée par la couleur du rouge à lèvres de la femme du président de Slite. Viking Line (VL) dessert en ferry la Finlande continentale, les îles Åland, la Suède et l'Estonie.
En 1985, VL prendra livraison du cruise-ferry "Mariella" qui est alors le plus grand car-ferry au monde. En 2007, la fédération syndicale des ouvriers du transport ITF gagnait devant la cour d'appel de Londres un procès contre VL. ITF soutenait son syndicat finlandais, la FSU, qui s'opposait à ce que l'armement fasse passer le ferry "Rosella" sous pavillon estonien. Un accord était trouvé et signé entre les deux parties en mars 2008.
En 2010, VL confirmait l'annulation d'un nouveau ferry, en construction au chantier espagnol Astilleros de Sevilla pour dépassement de délai. Le "Viking ACCC", commandé en 2007, devait être livré en 2009. Le chantier remboursera  39,2 millions d'euros à VL en 2011 suite à un arbitrage judiciaire rendu à Londres. En mars 2010, l'autorité suédoise de sécurité maritime réprimandait vigoureusement les compagnies de ferries pour avoir ignoré les messages d'alerte lors du blocage de la mer Baltique par les glaces. Entre le 3 et le 6 mars, quelques cinquante navires dont les "Isabella" et "Amerolla" s'étaient fait piéger au large de Sundswall. Les navires avaient été bloqués pendant 24 heures, nécessitant l'intervention de cinq brise-glaces. VL répondait que les messages étaient arrivés trop tard.
Le 10 janvier 2013, VL recevait le "Viking Grace" qui sera le premier ferry propulsé au gaz. Déployé entre le port finlandais de Turku et Stockholm, c'est cette ville qui accueillera le soutage quotidien du ferry et ce en plein centre-ville. Soutage effectué par une barge qui livre 60 tonnes en 45 minutes au navire qui ne reste qu'une heure à quai.
La compagnie Viking Line a été très affectée par la crise sanitaire en 2020, elle décidait de se séparer du ferry "Mariella" qui sera vendu à la compagnie Corsica Ferries. Il sera rebaptisé "Mega Regina" en mai 2021. Viking Line devrait recevoir en novembre 2021, son second ferry neuf au GNL, le "Viking Glory".
Il est à noter que le ferry "Mariella" fut le premier navire à répondre à l'appel de détresse et à atteindre la zone du naufrage du ferry "Estonia" le 28 septembre 1994 à 02h12 mn du matin. Ce naufrage qui a eu lieu au large de la Finlande coûta la vie à 852 personnes.
En août 2022, Viking Line vendait son ferry "Amorella" à la compagnie française Corsica Ferries, après le "Mariella" en 2021. Cette vente était décidée de longue date après l'arrivée en mars 2022 de son second ferry neuf au GNL, le "Viking Glory".
En décembre 2022, Viking Line concluait un accord avec la société grecque Aegean Sealines Maritime Co. pour la vente du "Rosella", dans le cadre de la modernisation de sa flotte. Le "Rosella" opérait dans la flotte Viking Line depuis 1980. Le prix de vente était de 11 250 000 euros, la livraison au nouveau propriétaire devait intervenir en janvier 2023, le navire passant sous pavillon grec pour opérer en mer Egée.
En décembre 2022, Viking Line décidait d'inscrire son navire à passagers "Viking XPRS" au registre maritime finlandais. Le navire, qui a été mis en service en 2008, était immatriculé en Estonie depuis 2014.
Début août 2023, Viking Line et la compagnie suédoise Gotland entamaient une collaboration, formant une joint-venture dont la mission est de développer et d'offrir des croisières sur le paquebot de croisière "Birka Stockholm" appartenant à Gotland. 50% du navire seront vendus à Viking Line pour 19 millions d'euros, Gotland ayant acheté le navire en mars 2023 pour 38 millions d'euros.