La société a été créée en 1938 dans la ville belge d'Holstade par Jan De Nul, un ingénieur du génie civil. Elle travaillait principalement dans les travaux publics et privés. En 1951, la société rejoignait le secteur du dragage avec un gros projet, la construction du canal périphérique de Gand, en 1954. La compagnie achetait la drague à élingue traînante "Sanderus" en 1993 pour assurer son premier chantier à l'étranger, au Havre. En 1996, la société Envisan, spécialiste dans l'assainissement des sols et des eaux souterraines rejoignait JDN. En 2004, JDN réceptionnait la plus grande drague désagrégatrice du monde, le "J.F.J de Nul". En 2009 était lancé le poseur de pipe "Simon Stevin" plus gros navire au monde dans sa catégorie. En 2015, JDN participait à l'élargissement du canal de Suez. La même année, la compagnie recevait le câblier "Isaac Newton" capable de charger 10 000 tonnes de câbles. 
Jan De Nul est un des leaders mondiaux du dragage. En janvier 2022, JDN remportait un gros contrat en partenariat avec le groupe sud-coréen Samsung C&T pour l'installation à Abu Dhabi de près de 1 000 kilomètres de câbles sous-marins et de convertisseurs correspondants. JDN concevra, installera, enfouira et protégera deux groupes de câbles qui relieront les îles d'Al Ghallan et de Das, dans le Golfe Persique, à des postes de conversion à terre. Ce projet constitue le plus grand marché d'installation de câble dans l'histoire de Jan De Nul à ce jour. La réception des travaux est prévue pour 2025.
Le 6 janvier 2022, JDN annonçait que son navire d'installation offshore flottant de nouvelle génération avait été lancé au chantier naval CMHI Haimen, en Chine. Le "Les Alizés" sera le plus grand navire de transport lourd de la flotte JDN, capable d'installer des composants éoliens offshore XXL. Le navire est équipé d'une grue d'une capacité de levage de 5000 tonnes. Principalement utilisé pour la construction des parcs éoliens en mer, "Les Alizés" servira également pour le démantèlement de plates-formes pétrolières et gazières offshore.
Début mars 2022, le nouveau navire d'installation dédié à la nouvelle génération d'éoliennes offshore de JDN, le "Voltaire" recevait sa grue, le navire étant toujours en construction au chantier de Cosco Shipping de Nantong, en Chine. La grue affiche une capacité de 3000 tonnes avec une flèche de 140 mètres, ce qui en fait la plus grande grue de type Leg Encircling Crane (LEC) au monde. Elle permet d'installer des éoliennes dont les turbines culminent à 270 mètres de haut avec des pales de 120 mètres.
Afin de répondre à la demande de raccordement électrique sur le marché de l'éolien offshore, JDN annonçait le 28 novembre 2022 l'acquisition du "Global Symphony" auprès de l'armateur britannique Global Marine. Construit en 2011, le navire qui sera rebaptisé "Symphony", s'ajoutait à la flotte des trois câbliers détenue par JDN. Une nouvelle trancheuse Swordfish capable d'ensouiller jusqu'à une profondeur maximale de 3 mètres devait être installée sur le navire. Le "Symphony" sera principalement utilisé comme navire de support pour la réalisation de tranchées sous-marines.
 Le "Voltaire", deuxième navire auto-élévateur d'installation d'éoliennes de JDN était livré par Cosco Shipping et prenait la mer le mardi 20 décembre 2022 en direction des Emirats arabes unis, avec une escale prévue à Singapour avant de rejoindre l'Europe. Le "Voltaire" possède quatre pieux de 131,4 mètres et peut travailler par des fonds de 80 mètres avec une charge surélevée de 16 000 tonnes. La première mission du navire sera l'installation des 227 éoliennes Haliade-X de General Electric du parc Dogger Bank au large des côtes anglaises, à partir du deuxième trimestre 2023