Au cours de la seconde moitié du XIXe siècle, la famille Messina a commencé son activité d'armateurs dans le petit port sicilien de Ripoto. Après s'être installé à Gênes, Giuseppe Messina confiera la direction de l'entreprise à son fils aîné Ignazio, en 1921. En 1929, la société officielle "Ignazio Messina SaS" ouvrira des lignes vers l'Afrique du nord et principalement la Lybie. Les lignes s'étendront ensuite vers la mer Rouge, l'Arabie Saoudite et l'Afrique de l'Est. En 1968, Messina se spécialisera dans les services ro/ro et les conteneurs. Ignazio Messina décèdera en 1982, son fils prendra la direction de la compagnie. En 2010, Messina s'implantait en France, à Marseille. En mars 2015, Messina prenait livraison du "Jolly Cobalto", un roulier porte-conteneurs. Avec son sister-ship "Jolly Titanio", c'est le plus grand navire dans sa catégorie au monde. Suivront les "Jolly Vanadio" et "Jolly Palladio". En février 2017, MSC et Messina Line entraient en négociation en vue de l'entrée de MSC dans le capital de Messina à hauteur de 49%. Messina Line est aussi un opérateur portuaire avec son terminal à conteneurs de Gênes. En juillet 2017, décédait Gianfranco Messina à 82 ans. Il était le fils aîné d'Ignazio Messina. Depuis 2013, c'est la troisième génération des Messina qui est aux commandes de cette compagnie, grande spécialiste du transport roulier.
Linea Messina remettait le port de Marseille sur la route de l'Inde et ajoutait en novembre 2021, une escale (après neuf ans d'absence) dans le port indien de Mundra à ses deux services conteneur-roulier qui relient la Méditerranée au Moyen-Orient et à l'Afrique. Les deux rotations sont opérées chacune avec quatre grands porte-conteneurs rouliers de 2 900 EVP. Le terminal marseillais Med Europe est touché tous les treize jours par la ligne Mer Rouge-Moyen-Orient. Mundra a été touché pour la première fois le 20 octobre 2021 par le "Jolly Paladio". MSC détenait toujours, en 2021, 49% de Messina ainsi que 52% de quatre des navires de sa flotte.
En mai 2023, Ignazio Messina changeait de stratégie en remplaçant une partie de ses grands rouliers porte-conteneurs par des porte-conteneurs classiques, un mode de transport correspondant mieux à l'attente de ses clients. Linea Messina était le dernier armement de lignes européen armant des grands rouliers porte-conteneurs (conro) à l'exception du Groupe Grimaldi. Le noyau de la flotte Messina était jusqu'à présent un ensemble de huit rouliers parmi les plus grands du monde: "Jolly Diamante", "Jolly Perla", "Jolly Cristallo" et "Jolly Quarzo" livrés en 2011 et 2012 et les "Jolly Titanio", "Jolly Cobalto", "Jolly Vanadio" et "Jolly Panadio" construits en 2014 et 2015.
En septembre 2022, le "Jolly Diamante" partait chez la compagnie américaine Liberty Global Logistic et devenait le "Liberty Power". Les "Jolly Quarzo" et "Jolly Cristallo" étaient acquis par l'US Maritime Administration ainsi qu'un troisième navire dont l'identité n'était pas précisée. En remplacement de ces grands rouliers, Messina faisait l'acquisition de deux PC intégraux de V Ships Hambourg, les "Northern Priority" et "Northern Promotion" de 4 600 EVP.
 Le 24 août 2023, I. Messina prenait livraison du porte-conteneurs "Northern Promotion" dans le port coréen de Busan. Le navire de la compagnie allemande Northern Shipping, long de 264 mètres, construit en 2010 et d'une capacité de 4600 EVP était rebaptisé "Jolly Argento". Messina devait également prendre livraison de son sister-ship, le "Northern Priority" qui sera renommé "Jolly Oro". La compagnie entamait ainsi sa nouvelle phase de vie sur le marché des porte-conteneurs classiques.
Mi-novembre 2023, Linea Messina achetait deux autres porte-conteneurs d'environ 4400 EVP à Marlow Navigation, de Chypre. Les "Lana" et "Rosa" devaient être livrés fin 2023 à Messina. D'une longueur de 260,30 mètres, larges de 32,20 mètres, les navires sont équipés de 500 prises reefers. Le 20 décembre 2023, le "Rosa" entrait dans la flotte à Singapour où il était rebaptisé "Jolly Rosa". Début janvier 2024, son navire jumeau, l'ex-"Lana" devait rejoindre Linea Messina et prendre le nom de "Jolly Giada".
En février 2024, la compagnie ajoutait un autre PC à sa flotte. Acheté à la société Asiatic Lloyd Shipping de Singapour pour 25 millions de dollars, le "ALS Clivia" a une capacité a une capacité d'environ 4400 EVP. Rebaptisé "Jolly Clivia", le navire devait rejoindre la flotte fin mars 2024. Il partait de Singapour ou le changement de propriétaire avait eu lieu.