Vopak a été créé en 1999 par la fusion du groupe Van Ommeren et de la société de services industriels Pakhoed. En 2001, Vopak France SARL achetait la compagnie française de produits chimiques Vaissière Favre établie à Lyon avec des installations dans l'est et le sud-ouest de la France et des citernes de stockage à Anvers.
En 2001, Vopak s'associait avec l'armement allemand John T. Essberger et opérait sous le nom de Vopak Essberger Chempool. En 2002, Vopak Essberger Chempool (24 chimiquiers ensemble) poursuivaient leur intention de regroupement avec Stolt-Nielsen. Ce regroupement s'appellera Vopak Essberger Stolt ChemPool, soit 35 navires à citernes inox pour 150 000 tpl.
En 2003, Vopak vendait sa flotte de quatorze chimiquiers à J.T. Essberger. En 2004, Vopak vendait ses activités magasinage à son personnel, continuant de se débarrasser de tout ce qui ne formait pas son métier de base: le domaine du stockage et de négoce des ressources en énergie fossile. Vopak vendait également ses participations dans Dockwise Transport et Van Ommeren Clipper Shipholdings. En 2009, Vopak s'associait avec Shell pour la fabrication d'un terminal GNL à Fos-sur-mer.
En 2015, Vopak recevait une offre de rachat pour ses terminaux britanniques. Vopak opère trois terminaux outre-Manche, situés près de Londres, à Teeside et Penarth. Vopak détient 100% de ces trois sites qui stockent des produits pétroliers, des produits chimiques, du gaz liquéfié et des huiles végétales.
Une première opération de soutage par barge, de méthanol carburant a été réalisée le 11 mai 2021 dans le port de Rotterdam, sur le terminal de Vopak. Cette opération a été réalisée à partir de la barge "MTS Evidence" au profit du chimiquier "Takaroa Sun".
Le 16 décembre 2021, Vopak concluait un accord avec l'armement japonais MOL pour acquérir 49,9 % de l'unité de regazéification "MOL FSRU Challenger" qui sera rebaptisée "Bauhinia Spirit" et qui devrait être opérationnelle vers la mi-2022. Ce FSRU sera le plus grand au monde et permettra à Vopak de reprendre pied dans le rôle d'armateur.
En mai 2022, Vopak s'associait avec la société de stockage de réservoirs néerlandaise Gasunie, pour développer conjointement de futurs projets d'infrastructure de terminaux pour l'importation d'hydrogène dans le nord-ouest de l'Europe via les ports néerlandais et allemands.
Fin février 2023, Wilhelmsen Port Services finalisait l'acquisition de Vopak Agencies, annoncée pour la première fois en octobre 2022. Dans la cadre de la transaction, Wilhelmsen a également acquis 50% de Diize, une société de logiciels numériques développée par Vopak et destinée à l'avenir de l'orchestration portuaire.