Balearia a été créée en 1998 par un groupe de cadres, de capitaines et d'officiers de l'ancienne compagnie espagnole Flebasa. En 2001, le premier navire à grande vitesse entrait dans la flotte annonçant l'arrivée des transports rapides entre le port espagnol de Dénia et les îles Baléares. En 2008, Balearia et la compagnie Comanav s'alliaient pour un temps entre l'Europe et le Maroc. En 2011, Balearia ouvrait une ligne entre la Floride et les Bahamas sous le nom de "Balearia Bahamas Express" avec le catamaran "Pinar el Rio". Balearia est aussi présente sur les îles Canaries.
En septembre 2015, Balearia était la première compagnie méditerranéenne a se lancer dans la propulsion au gaz, pour ses navires. Balearia accueillait en février 2019 le "Hypatia de Alejandria", premier de deux ro-pax bénéficiant d'une motorisation dual-fuel. Balearia est la première compagnie de ferries espagnole.
Balearia passait commande en janvier 2022 auprès du chantier naval Armon de Vigo, d'un petit ferry amphidrome de 83 mètres de long et 15 mètres de large destiné à la liaison courte entre Ibiza et Formentera. Ce sera le premier en Espagne à utiliser à la fois des batteries et une pile à combustible alimentée en hydrogène vert. Livrable en 2023, le navire pourra embarquer 350 passagers et 14 poids lourds. La flotte Balearia comportait quinze ferries conventionnels et quatorze ferries rapides en 2022.
Devenu premier opérateur de ferries en Espagne en 2022, Balearia passait commande en octobre de cette année au chantier naval espagnol Armon, d'un second ferry rapide alimenté au GNL. Livrable en 2024, le nouveau "Margarita Salas" de 123 mètres de long sera la copie quasi conforme de l' "Eleanor Roosevelt", livré en mars 2021 par le même constructeur. D'une capacité de 1200 passagers et 450 voitures, ces navires sont dans leurs catégories les plus grands du monde à utiliser le gaz naturel liquéfié comme carburant. Le "Margarita Salas" sera d'ailleurs le dixième navire de la flotte Balearia à utiliser le GNL carburant, ce qui en fait, en nombre de navires, le premier utilisateur en Europe parmi les opérateurs de ferries.
Le 22 décembre 2023, Balearia faisait l'acquisition du ferry "Rusadir" que la compagnie affrétait depuis l'été sur sa ligne Malaga-Melila. Ce navire est celui qui devait s'appeler "Honfleur", commandé par Brittany Ferries en 2017 auprès du chantier naval allemand FSG avant que ce dernier ne connaisse des difficultés financières et ne dépose son bilan. Achevé à 80%, il avait été récupéré par le groupe norvégien Siem Industries et achevé en 2022 avant que Siem ne conclue une charte-partie de six mois avec Balearia avant la vente du navire de 187,40 mètres de long avec une capacité de 1670 passagers et 2600 mètres linéaires de pont garage.
Quelques jours après l'annonce du transfert du ferry "Ciudad de Mahon" de Transmed Grimaldi di Espana à Balearia, un autre navire appartenant au groupe italien Grimaldi était sur le point de passer à Balearia fin février 2024. Il s'agissait du roulier "Eurocargo Sicilia", il prenait le nom de "Eos".