La société a été fondée en 1889 par le capitaine Giovanni Montanari. Il a commencé avec un petit voilier transportant du bois et des matériaux de construction entre les ports méditerranéens. Son fils, Arturo, lui succédera après la première guerre mondiale et fera construire cinq voiliers équipés de moteurs auxiliaires pour le transport de marchandises sèches. La flotte subira des grandes pertes durant la deuxième guerre, les cinq voiliers seront coulés.
La reconstruction de la flotte après le conflit s'effectuera avec l'achat de navires du type"Liberty Ship" et Montanari fera ensuite construire des petits pétroliers hautement spécialisés. La compagnie s'est développée dans les années 1960-1970. En 1997, après la fusion des quatre sociétés du groupe, elle prendra le nom de Navigazione Montanari SpA.
Il y avait plus de 30 achats de navires italiens en 2023 sur le marché de l'occasion. En tête de liste en termes de nombre de navires achetés se trouvait Navigazione Montanari, qui a racheté en avril 2023 par l'intermédiaire de sa filiale Nai Int. Ltd, huit pétroliers à Vassholmen Shipping, filiale de Sole Shipping basé à Chypre. Il s'agissait des "Valcadore", "Valgardena", "Valle Azzura", "Valle Bianca", "Valrossa", "Valsesia", "Valtellina" et "Valverde". Montanari redevenait propriétaire de ces navires qu'il avait vendu en 2018 dans une opération de cession-bail.
Fin mars 2024, le pétrolier "Valpiave" d'Euromont Shipping Company Spa, une société détenue à 100 % par Navigazione Montanari (elle même entièrement contrôlée par Finamont Spa) était vendu à Pemont Ltd, une société basée à La Valette et détenue à 50% par Finamont. Le navire d'un port en lourd de 110 000 tonnes, construit en 2010, quittait le pavillon italien pour celui de Malte.
En mai 2024, Montanari commandait au chantier naval chinois Yangzijiang Shipbuilding la construction de deux pétroliers jumeaux de la classe Medium Range d'une capacité de 41 000 tpl, pour un prix d'achat d'environ 45 millions de dollars par navire. C'était la première commande de navires neufs par Montanari depuis presque 18 ans.
En juin 2024, Montanari vendait son pétrolier "Valle di Nervion" à des acheteurs du Moyen-Orient. Le prix de vente du navire construit en 2004 devait avoisiner les 15,4 millions de dollars.
En octobre 2024, Montanari achetait le chimiquier le chimiquier/transport de produit "Astella" à la compagnie française Socatra. Le navire construit en 2011 en Corée du Sud était rebaptisé "Valderice".