Au cours du siècle dernier, Boskalis est passé d'une entreprise de dragage néerlandaise locale à un leader mondial du domaine du dragage, de l'énergie offshore, du remorquage et de la récupération. La compagnie a reçu la désignation "Royal" en 1978.
Boskalis a été fondé par un groupe de familles à Sliedrecht berceau de l'industrie néerlandaise du dragage, en 1910. La compagnie va se développer régulièrement. En 2008, Boskalis lançait une OPA sur le leader néerlandais du remorquage et du sauvetage SMIT International, qui l'avait immédiatement rejetée estimant l'offre sous-évaluée. En 2010, Boskalis croquait enfin SMIT après avoir mis 1,4 milliard d'euros sur la table. Etaient aussi concernées les filiales de SMIT, SMIT Salvage, les services de remorquages portuaires avec Keppel Smit Towage (Asie), Saam Smit Towage (Amériques), Kotug Smit Towage (Europe du nord-ouest) et Smit Lamnalco avec ses services de terminaux.
En 2012, Boskalis lançait une nouvelle OPA, cette fois sur le groupe néerlandais spécialisé dans le transport de colis lourds, Dockwise. En 2013, Dockwise passait sous les couleurs Boskalis.
En 2014, c'est la compagnie néerlandaise de remorquage océanique au long cours Fairmount Marine BV qui était achetée par Boskalis. Fairmount avait été acquise auparavant en 2007 par le groupe français Louis Dreyfus Armateurs.
En 2016, Boskalis reprenait les activités de l'allemand Strabag Wasserbau, plus connu sous son ancien nom de Möbius Wasserbau, pour 70 millions d'euros. Les pièces maîtresses de la flotte Strabag sont deux dragues aspiratrices en marche et une drague spécialisée dans la récolte de boues sur des parois verticales. Plus des barges et deux dragues à cutter et de nombreux engins de travaux portuaires.
En 2017, Boskalis reprenait toutes les actions de Gardline Group, société anglaise d'études géophysiques marines et de services géotechniques offshore.
En 2021, Boskalis achetait le groupe britannique Bibby Offshore, spécialisé dans la construction, l'inspection, la réparation et la maintenance sous-marine.  En novembre 2021, Boskalis cédait ses 49% de parts qu'il possédait dans le groupe singapourien Keppel Smit Towage à l'entreprise de remorquage italienne Rimorchiatori Mediterranei, filiale de Rimorchiatori Riuniti. Keppel en profitait pour mettre fin à ses activités de remorquage. Boskalis était déjà sorti en 2019 de ses coentreprises avec Kotug en Europe du nord et avec le chilien Saam, qui en avait racheté 100% du capital.
L'investisseur néerlandais HAL Holding NV, bras financier de la famille Van der Vorm (deuxième fortune des Pays-Bas), a annoncé le 10 mars 2022 vouloir racheter 100% de Boskalis. HAL Holding détenait déjà 46,2% de Boskalis qui annonçait au titre de l'année 2021 un chiffre d'affaires en hausse de 17% et un bénéfice net de 151 millions d'euros, contre une perte de perte de 97 millions d'euros en 2020.