L'origine de Eitzen remonte à 1883 quand le capitaine Camillo Eitzen acheta la compagnie norvégienne Nielsen. Son association en 1894 avec un autre capitaine, Henry Tschudi a conduit à la constitution de l'armement Tschudi & Eitzen. L'année 2003 verra la fin de cette association. Depuis 1990, Eitzen dirige une grande partie de ses activités depuis le Danemark via la société de management Tesma. Eitzen est également établi à Singapour depuis 1999 avec l'acquisition de EMS Ship Management. En 2004, la compagnie Navale Française passait sous les couleurs de Eitzen, à 49%. En 2006, c'était au tour de l'autre armement français Fouquet-Sacop, que Eitzen revendait en 2007.
En février 2015, tous les navires Eitzen passaient sous la marque Team Tankers International.
Début septembre 2024, le groupe français Sogestran vendait sa filiale maritime Navquim, basée aux Pays-Bas et en Espagne, et ses treize navires chimiquiers à Eitzen et à sa filiale Christiania Shipping. Christiania Shipping, présidé par Axel Eitzen opérait lui-même une flotte de dix chimiquiers et treize transporteurs de gaz de pétrole liquéfié (GNL).