La compagnie a été fondée le 24 mars 1824 par Ferdinand Laeisz, un fabriquant de chapeaux haut de gamme. La première expédition eut lieu en 1825 vers Buenos-Aires. En 1832, F.Laeisz avait évolué pour devenir une société de négoce d'import-export. En 1839 eut lieu la construction du brick "Carl" du nom du fils de F.Laeisz, qui rejoindra la société en 1852. La flotte ne cessera de s'agrandir au fil des ans. En 1861, F.Laeisz va fonder l'Organisation de sauvetage de Hambourg qui deviendra l'actuelle DGzRS (Société Allemande de Sauvetage des Naufragés). Un lien étroit lie des deux entités toujours à ce jour. La flotte Laeisz sera perdue durant la deuxième guerre mondiale, il faudra quelques années avant que la compagnie ne reprenne forme.
En 1983, le premier navire frigorifique entièrement conteneurisé au monde, le "Puritan" est livré à Laeisz. En 1993, la flotte de l'ex-compagnie est-allemande, la DSR, qui venait d'être privatisée fusionnera avec celle de Laeisz. La flotte actuelle, en 2021, est forte de 26 navires environ, répartis entre des transports de voitures, des porte-conteneurs, des gaziers et de navires de recherche.  En novembre 2022, F.Laeisz vendait son Pure Car Truck Carrier (PCTC) "Paglia" à son partenaire norvégien Gram Car Carriers, dans le cadre d'une transaction en espèces/actions. Cette vente augmentait un peu plus la participation de F.Laeisz dans Gram Car Carriers, soit environ 26,92% du capital de la société.